麻醉科是醫院的重要臨床業務科室之一，西藏阜康醫院麻醉科承擔全院各手術科室各種手術的臨床麻醉、重癥監測、急救復蘇、血氣分析以及開展疼痛診療等工作。
現有麻醉副主任醫師1名，主治醫師2名，執業醫師2名，執業助理醫師2名，科室位于西藏阜康醫院住院區6樓，布局合理，設施齊全，擁有5個手術室，1個蘇醒室。配有進口多功能麻醉機、呼吸機、除顫儀等新型先進設備。
現開展業務有：全麻(靜脈全麻、吸入全麻、靜吸復合),椎管內麻醉(硬膜外、腰麻、腰硬聯合麻醉、骶麻)，神經阻滯麻醉(頸叢、臂叢、坐骨神經)，局麻，表麻，基礎麻醉，控制降壓、有創監測，深靜脈穿刺、血氣分析等。
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