西藏阜康醫院綜合院區位于拉薩市林廓北路14號，處于布達拉宮、宗角祿康公園東面，林廓北路與娘熱南路十字路口，于2005年4月28日正式營業，房屋建筑面積約12300㎡，其中醫療用房建筑面積約10000㎡，綜合院區（院區一）開設了急診科、牙科、呼吸內科、消化內科、心血管內科、骨科、普外科、婦科、中醫科、眼科、耳鼻咽喉科、皮膚科、碎石科等門診科室，院區一還設有呼吸內科、消化內科住院病房，以及影像科、檢驗科、超聲科、心電科等醫技科室，合計床位107張（牙椅4張）。2008年西藏阜康醫院開設了臨床司法鑒定中心，中心堅持遵循科學、客觀、獨立、公正的原則，嚴格依據事實和法律，為社會提供高質量、可信賴的鑒定服務。
2019年4月根據西藏自治區衛健委設置三級綜合醫院的批復(拉衛醫發〔2019〕5號)，與阜康婦產兒童分院、阜康心腦血管分院、阜康健康體檢中心合并組成新的西藏阜康醫院，成為院區一（綜合院區）。同年6月2日經拉薩市衛健委審核通過，西藏阜康醫院正式成為國家三級綜合醫院。
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